長期間別居していても、配偶者は相続人になります。

民法890条で、被相続人の配偶者は常に相続人となると規定されています。
被相続人とは、亡くなった方のことを指します。
配偶者とは、結婚している相手のことを指します。

「配偶者」であれば相続人になりますから、夫婦が長年にわたり別居していても、離婚が成立していなければ、他方の配偶者は相続人となります。

ただ、民法が規定する相続欠格事由にあたる場合などの例外はあります。

逆に、相続が始まる前に離婚をしていた場合には、亡くなった時点では「配偶者」にあたりませんので、相続人ではありません。

相続人が誰になるかを判断するには、婚姻関係を踏まえることが必要です。