境界確定訴訟は、所有権の範囲の確認を求める所有権確認の訴えとは全く異なる訴訟です（境界確定訴訟は、確認請求ではなく、形式的形成訴訟といいます。）。
したがって、境界確定訴訟によって、所有権の範囲が確定するわけではありません。
たとえば、人の敷地に他人が工作物を設置している場合、所有権が侵害されているため、所有権に基づき妨害排除請求や建物収去土地明け渡し請求を行う必要があります。
したがって、境界が争われていると同時に、こちらの主張する境界線を越えて相手方が工作物等を設置している場合には、境界の確定を求めるとともに、所有権に基づく妨害排除請求等を併せて求めていくこともあります。
加えて、上記の場合、他人が自分の敷地を違法占有していると評価できるため、不法行為に基づく損害賠償（賃料相当損害金）の請求も境界確定訴訟と併せて行うこともあります。
